$ 0 0 では、根本的対策は別として、今の作業を進めるため、代案を提案します。 「多角形選択ツール」で一度に選択範囲を作成するのではなく、途中で閉じられてしまったら、「追加」ボタンを押しコマ切れ的にそのあとの選択範囲を作成し追加して行くったらどうでしょうか。