お早うございます
スキャナーからの「.pdf」形式のファイルはは受け付けないということでしょうか。
では、うまくいくかどうかわかりませんが、次の①を、だめなら②を試してみたらいかがでしょうか。違っていたらごめんなさい。
①スキャナーからの出力はたいてい「.jpg」形式も選択できると思いますので、「.jpg」形式でフォルダーに保存して、次にPhotoshop Elementsにこのファイルを読み込み、Photomerge Panorama作業を行います。
②スキャナーからフォルダーに保存した「.pdf」または「.jpg」形式のファイルを、一旦Photoshop Elementsに読み込み、そのままそれぞれ「.pdf」または「.jpg」形式で上書き保存します。
次にPhotoshop Elementsに上書き保存した「.pdf」または「.jpg」形式のファイルを読み込み、Photomerge Panorama作業を行います。