Photoshop用として配布されているプラグインにより解決する場合はあります。
Photoshop & Mac OSX 10.10 (Yosemite)
Menus, shortcuts, Lasso tool, or Photoshop stop working when using a Wacom tablet | Mac OS
Wacom 社製タブレット使用時にメニューや投げ縄ツールなど一部の機能が使用できない（Mac OS 版 Photoshop）
ただプラグインもプログラムの一種で、これについても10.12で動く保証はありません。
基本的には150kwさんの仰る対応策を行う必要があるものと考えましょう。