11のインストーラをダウンロードしたものと13のものでは解凍(もしくはマウント)したデータが異なるということですよね?
この辺りに原因がありそうなのですが、自分はまだYosemiteを導入していないのでお役に立てそうにありません。
色々とお試しいただいたにもかかわらず申し訳ありませんが、サポートにご連絡いただいたほうが良いかと思います…
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