もし間違ってたら申し訳ないんですが…
描画モード、レイヤーとブラシと両方設定できるんですが
ブラシの方の描画モードを変更していないでしょうか…？
（画面の下の方にブラシサイズとかがあるところの「モード」です）
ブラシの描画モードが変更されちゃうと、描写する色に影響を与えるので
そのようになっちゃってるかもしれません。
レイヤー自体の描画モードは、エキスパートモードなら
画面の右上、不透明度の横にあるところです。
こっちを変えてみて、画面下のブラシの方の描画モードを通常にしたらうまくいきませんかね。
今思い当たるのがこれしかなかったです…。どうでしょうか？